Avant de quitter Clémenti-Ville, Sacha et ses amis décident de passer voir le Professeur Seko pour lui donner de leurs nouvelles. Mais le Professeur Seko est en route pour aller chercher le Professeur Chen, qui est en ville pour rencontrer son collègue. Sacha et Pierre accompagnent le Professeur Seko, alors que Max et Flora se dirigent vers le laboratoire... Mais ils ne vont pas tarder à le regretter ! En effet, la Team Rocket s'introduit dans les lieux et s'enfuit avec tous les Pokémon destinés aux débutants. Nos héros arriveront-ils à retrouver les Pokémon volés ?