Tandis que Jessie, James et Miaouss complotent à nouveau pour capturer Pikachu, ils sont interrompus par deux mystérieux personnages : une femme au visage à demi masqué par un capuchon, qui se fait appeler Madame X, et Sepiatroce, un Pokémon aux incroyables pouvoirs hypnotiques. Jessie et James tombent rapidement sous sa coupe mais Miaouss réussit à s’échapper et finit par rejoindre nos héros !

Sacha, Serena, Lem, et Clem aident Miaouss à se rétablir de ses blessures, et ce dernier les avertit que Madame X et Sepiatroce veulent s’emparer de Pikachu. Et c’est juste à ce moment-là que Jessie et James, dont l’esprit est visiblement sous contrôle, apparaissent ! Ils kidnappent Pikachu grâce à l’attaque Psyko de Sepiatroce, et l’emmènent dans leur repaire.

Lem dévoile alors une nouvelle invention, un robot en forme de Pikachu, conçu pour pister la signature énergétique du vrai Pikachu. Nos héros suivent le robot jusqu’à un observatoire, mais le robot se retrouve coincé dans un grillage et il explose. Lem effectue rapidement quelques réparations, quand Clem aperçoit la moto de l’agent Jenny, garée à l’extérieur du bâtiment. Nos héros s’y introduisent pour jeter un œil et y découvrent Madame X, accompagnée de Pikachu, tombé sous le contrôle de Sepiatroce. Sepiatroce hypnotise rapidement Serena, Clem et Lem, mais Miaouss attaque Sacha pour qu’il puisse garder le contrôle de son esprit. Au début, Pikachu obéit aux ordres de Madame X, et tente d’arrêter Sacha à tout prix. Mais les liens entre Sacha et Pikachu sont plus forts que n’importe quel pouvoir hypnotique, et Pikachu réussit à se libérer ! C’est alors que le Pikabot, qui a repris son pistage, entre en scène. Il se rue sur Sepiatroce, perturbant ainsi ses pouvoirs, et tous retrouvent alors leur état normal, y compris Madame X qui s’avère être en fait l’agent Jenny elle-même ! Sepiatroce se met à parler, et Miaouss traduit ; apparemment, Sepiatroce a un plan diabolique et compte utiliser un appareil de contrôle des esprits pour dominer le monde. Contrôler l’agent Jenny et en faire sa complice n’était qu’un premier pas, mais maintenant que son plan a été découvert, il a décidé de détruire l’appareil. Tous se précipitent vers la sortie tandis que le bâtiment menace de s’effondrer, mais Sepiatroce réussit à s’échapper. Poursuivra-t-il son plan diabolique ?