Toujours en chemin vers Méanville, nos héros retrouvent de vieilles connaissances, le Professeur Keteleeria et le Docteur Oryse, qui se préparent à utiliser leur appareil de restauration de Pokémon pour rendre à un Fossile Plume sa forme d’origine, celle du Pokémon Arkéapti. Le Professeur Keteleeria se livre en effet à des recherches sur l’origine des Pokémon.

La restauration est un succès total ! Mais l’Arkéapti qui vient d’être ramené à la vie est pour le moins agité ! Il finit toutefois par se calmer et nos héros constatent que l’ancêtre de tous les Pokémon Oiseau ne sait pas voler !

C’est donc à un moment historique qu’assistent les deux savants et nos héros : un Pokémon Oiseau d’un autre temps va, pour la première fois, s’élever dans les airs ! Arkéapti, malgré ses difficultés, s’acharne et arrive enfin à prendre son envol, en évoluant en Aéroptéryx. Pendant ce temps, la Team Rocket organise le vol des données de l’appareil de restauration de Pokémon. Ils aimeraient bien aussi s’emparer d’Aéroptéryx. Mais, si le vol des données est un succès, Aéroptéryx, lui, leur échappe.

Il s’avère alors que le cri incompréhensible qu’Aéroptéryx poussait était un appel. En effet, trois autres Aéroptéryx apparaissent. L’espèce avait sans doute survécu dans un endroit caché d’Unys, pendant des millions d’années. Ayant retrouvé ceux de son espèce, Aéroptéryx, heureux, s’envole avec ses nouveaux amis, tandis que nos héros lui font de chaleureux adieux et que le Docteur Zékor félicite la Team Rocket du vol des précieuses données...