Ashin tehdessä erikoisharjoituksia Cynthian talolla valmistautuessaan Unova-liigaan, Rakettiryhmän roistot valmistelevat viimeisimmän pirullisen juonensa, operaatio myrskyn, alkua!
Katsottuaan harjoitusottelun Meloetta haluaa mukaan! Ash ja Krookodile hyväksyvät Meloettan haasteen, mutta yhtäkkiä valtava Golurk laskeutuu ottelukentälle. Sitä ohjaa Ridley, joka alkaa syyttää Ashia Meloettan siepanneeksi roistoksi! Väärinkäsitys selviää nopeasti ja Ridley selittää että hän on yksi Meloettan suojelijoista ja että hän ja Golurk ovat etsineet tätä myyttistä pokémonia jo jokun aikaa sen jälkeen kun tuntemattomat roistot sieppasivat sen.
Kyseiset roistot tekevät itsensä pian tunnetuiksi, Rakettiryhmän agentit ovat jäjiittäneet Meloettan Cynthian talolle ja yrittävät siepata sen uudestaan! Ridley aikoo estää heitä Golurkin kanssa ja käskee Ashin ja muiden karata Meloetta mukanaan. He tekevät työtä käskettyä, mutta pian heidän tielleen asettuvat Jessie, James ja Meowth! Iris ja Cilan jäävät pidättelemään heitä Ashin, Pikachun ja Meloettan jatkaessa matkaa. Valitettavasti he tekevät juuri niin kuin Rakettiryhmä suunnittelikin ja Pomo on heitä jo vastassa! Giovanni ja hänen Persianinsa vangitsevat Ashin ja Pikachun, jonka jälkeen Giovanni käskee Meloettaa antautumaan tai hän satuttaa sen ystäviä.
Meloettalla ei ole valinnanvaraa ja pian kaikki kolme kiidätetään Rakettiryhmän helikopteriin ja sen avulla sukellusveneeseen, joka laskeutuu Undella-lahden pohjassa olevaan temppeliraunioon.
Ash seuraa avuttomana kuin Meloetta vangitaan temppelin sisällä. Tri Zager alkaa soittaa nauhoitusta Meloettan kauniista laulusta, joka avaa muinaisen sinetin ja nostaa temppelin meren pinnan ylle. Heti kun tie on selvä, Giovanni nousee temppelin pyhimpään ja ottaa itselleen totuuspeilin, myyttisen esineen, jolla on tuntemattomia voimia! Mitä operaatio myrsky oikein merkitsee? Voisiko tämä olla suurin Unova-aluetta koskaan kohdannut uhka?
