Un ataque desafortunado de Pikachu deja a Ash y a sus amigos en el mar, muy lejos de la costa. Su alegría por ser rescatados por un submarino gigante pronto se torna en decepción cuando se dan cuenta de que es el Equipo Magma. Una vez en el submarino, Ash y sus amigos se enteran de que los Equipos Magma y Aqua están tramando controlar a Groudon y a Kyogre para así controlar el planeta entero. Una parte fundamental de su plan son dos misteriosos prismas que permiten controlar a estos ancestrales Pokémon. Ash y sus amigos comprenden que deben actuar con rapidez para frustrar sus malignos planes de controlar el mundo, pero, cuando Pikachu cae bajo el influjo de uno de estos prismas místicos, nuestros héroes no saben cómo podrán liberar a Pikachu y frustrar el plan de estos dos grupos de malhechores.