El destino reúne a nuestros héroes con el Spoink al que habían ayudado a encontrar su perla perdida. El Pokémon en apuros vuelve a perder la perla de su cabeza, pero esta vez un investigador que estudia la coexistencia del Spoink y el Clamperl promete ayudarlo a sustituir su perla. Mientras, el Team Rocket quiere robar una valiosa perla azul del laboratorio de este investigador.