Tras viajar a través de unos misteriosos portales, Ash, Goh, Chloe y Maya se encuentran en un mundo paralelo donde el flujo inverso del tiempo ha provocado que los Pokémon vuelvan a ser Huevos. Junto a sus equivalentes del mundo paralelo, Ash y sus amigos investigan el origen de los portales y encuentran a los Pokémon legendarios Dialga y Palkia enzarzados en un combate. Tras derrotar al Team Rocket de ese mundo paralelo, nuestros héroes se ven afectados por el retroceso del tiempo, haciéndose más jóvenes. Desesperados por detener el enfrentamiento entre los Pokémon legendarios y restaurar el espacio-tiempo, le cuentan sus sentimientos a Dialga, Palkia y al Pokémon singular Arceus, que aparece momentáneamente para calmar el conflicto. Cuando todo vuelve a la normalidad, ¡nuestros héroes se dirigen a casa!