En busca del Team Flare y Squishy, el Team Rocket se encuentra con un Pokémon de aspecto similar, el que es conocido como Z2, y el Team Flare va justo detrás. Los dos euipos luchan una y otra vez y Z2 cambia de manos varias veces, hasta que emerge con tantas Células como para convertirse en un Pokémon serpenteante poderoso y amenazador que hace temblar la tierra con su ataque.

Z2, claramente tiene ventaja, pero Lysson ha pedido refuerzos. Con la ayuda de Alain y su Mega-Charizard lucha contra Z2 hasta un punto muerto y lo encierra en una jaula. Mientras tanto, en el campamento de nuestros héroes, Clem acaricia a un triste y preocupado Squishy, intentando averiguar qué es lo que va mal.