Nuestros héroes han tomado un emocionante desvío de su camino hacia Ciudad Fluxus: una visita a la incomparable Fábrica de Pokéball. Los tres directores de la fábrica que les ofrecen una visita les parecen extrañamente familiares... Es el Team Rocket, por supuesto, pero para cuando los villanos se descubren, nuestros héroes les han entregado todas y cada una de sus Pokéballs <además de Pikachu> y se han quedado encerrados en un almacén.

Cuando Pikachu se escapa tiene lugar una frenética persecución ya que intenta rescatar el maletín lleno de Pokéballs y Meowth intenta utilizar la propia Pokéball de Pikachu para atraparlo.

Finalmente, Meowth ofrece un desafío: si Pikachu puede vencerle en un combate, le devolverá todas las Pokéballs. Intenta traicionarlo, pero Cola Férrea de Pikachu le abate, y el Team Rocket despega de nuevo. Y tras liberar a los verdaderos directores de la fábrica, nuestros héroes disfrutan de una visita oficial como agradecimiento.