Continuando con su viaje por las Islas Decolora en su camino hacia Región Kanto, nuestros héroes se encuentran explorando una parte rocosa y estéril de la Isla Magnala. En la noche, después de que han montado su campamento para descansar, Pikachu y Axew son despertados por el Pokémon Mítico Jirachi. Se dice que Jirachi despierta cada mil años durante siete días. Mientras Pikachu y Axew juegan con Jirachi, el ruido despierta al resto de nuestros héroes, y cuando Ash se da cuenta de lo que ve, se emociona y corre a hacer amigos, pero asusta a Jirachi en el proceso.

A la mañana siguiente, mientras Ash, Cilan e Iris hablan sobre su encuentro con Jirachi, una niña llamada Gemma corre hacia ellos y les suplica que le digan hacia dónde se fue. Resulta que ella desea desesperadamente que Jirachi le conceda su deseo: restaurar la montaña, que es su hogar, a su esplendor anterior. Más tarde, cuando conocen a la madre de Gemma, nuestros héroes se enteran de que su esposo ha estado viajando durante casi dos años, tratando de descubrir la razón por la que la montaña se secó y se volvió estéril. Una de las muchas razones por las que Gemma desea con desesperación que se conceda su deseo, es que su padre regrese a casa.

Como sólo tiene siete días antes de que Jirachi vuelva a dormir por otros mil años, Ash y sus amigos se ofrecen a ayudar a Gemma a encontrar al escurridizo Pokémon para que le conceda su deseo. La primera vez que lo encuentran, se acercan demasiado rápido y este huye de nuevo. Aunque nuestros amigos siguen buscando día tras día, ¡no son los únicos! ¡Jessie, James y Meowth también quieren apoderarse del Pokémon Mítico!

Finalmente, en el séptimo día, encuentran a Jirachi de nuevo, y esta vez, Gemma permanece tranquila. Cuando ella le pide que le conceda su deseo, Jirachi acepta, ¡pero en ese momento es capturado por el Equipo Rocket! Sin embargo, la valentía de Gemma, las habilidades de batalla de nuestros héroes y el asombroso poder de Jirachi se combinan para liberar a Jirachi y mandar al Equipo Rocket a volar por los aires.

Jirachi queda exhausto y herido con esta experiencia. El padre de Gemma llega y los lleva hacia el Templo de la Montaña, en donde Gemma pide un nuevo deseo: ella sólo quiere que Jirachi esté bien. Su deseo se cumple y al tiempo que Jirachi recupera su energía, el agua comienza a fluir de nuevo desde el interior de la montaña. La familia de Gemma se reúne, la montaña está en proceso de recuperación y Jirachi vuelve a su sueño de mil años mientras nuestros héroes siguen con su viaje.