Mientras Ash realiza un entrenamiento especial en casa de Cynthia como preparación para la Liga Unova, los villanos del Equipo Rocket están terminando los preparativos para poner en marcha su más reciente plan diabólico: ¡Operación Tempestad!

Después de presenciar una batalla de entrenamiento, Meloetta quiere formar parte de la acción. Ash y Krookodile acaban de aceptar el reto de Meloetta cuando un enorme Golurk desciende sobre el campo de batalla montado por su Entrenador, Ridley. ¡Este inmediatamente acusa a Ash de ser un villano y de haber secuestrado a Meloetta! Este malentendido se aclara rápidamente y Ridley explica que es uno de los protectores de Meloetta, y que él y Golurk han estado buscando al Pokémon Mítico desde hace mucho tiempo, luego de que fuera capturada por villanos desconocidos.

Los villanos en cuestión rápidamente se hacen presentes, ¡un par de agentes del Equipo Rocket ha rastreado a Meloetta hasta la casa de Cynthia y pretenden recapturarla! Ridley dice que él y Golurk los enfrentarán mientras Ash y los demás alejan a Meloetta del peligro y huyen, pero pronto su camino se ve bloqueado por Jessie, James y Meowth. Iris y Cilan se enfrentan a ellos mientas Ash, Pikachu y Meloetta siguen adelante solos.

¡Desafortunadamente, están cayendo en el juego del Equipo Rocket y el jefe los está esperando para atraparlos! Giovanni y su Persian atrapan a Ash y a Pikachu en una jaula, y Giovanni ordena a Meloetta rendirse o ver cómo lastima a sus amigos. Meloetta no tiene opción y los tres son llevados al helicóptero del Equipo Rocket para luego ser transferidos a un submarino que desciende hasta las ruinas de un Templo Submarino en el fondo de la Bahía Undella.

Ash observa cómo Meloetta es aprisionada dentro del templo sin poder hacer nada. El Dr. Zager empieza a tocar la grabación de la inolvidable canción de Meloetta, la cual abre un antiguo sello, transformando el templo y llevándolo a la superficie de la bahía. En cuando el camino queda libre, Giovanni se abre paso hacia la parte interna del templo y obtiene el Espejo Veraz, ¡un espejo con poderes desconocidos! ¿De qué trata realmente la Operación Tempestad? ¿Podría esta ser la más grande amenaza que Región Unova haya enfrentado?