Mientras Meowth y nuestros héroes llegan a Ciudad Nimbasa, Jessie y James se preparan para desatar su siniestro plan, bajo instrucciones del Doctor Zager. En el extraordinario Centro Pokémon de Ciudad Nimbasa, Meowth los convence de dejar a los Pokémon recibir un masaje relajante, lo que sucede en la segura bóveda del Centro Pokémon. Sin embargo, ¡resulta que Meowth todavía es parte del Equipo Rocket, y que viajar con nuestros héroes no ha sido más que un truco para entrar a la Bóveda y robar muchos de los Pokémon que están ahí!

Mientras, los jefes del Subterráneo Nimbasa, Ingo y Emmet, han estado investigando el misterioso “Tren Fantasma” que han visto en el sistema subterráneo varias veces. Ahora, una serie de eventos, planeados por el Doctor Zager y el Equipo Rocket, ponen a Ciudad Nimbasa en el caos. Pero Cilan consigue descifrar la serie de eventos recientes; los avistamientos del Tren Fantasma, las Pokébolas perdidas del Centro Pokémon, el puente levadizo de Ciudad Nimbasa que se atora al subir… todo es parte del plan del Equipo Rocket para robar muchos, muchos Pokémon, ¡incluidos los de nuestros héroes!

Cilan, Ash e Iris salen en búsqueda del Tren Fantasma usando el carro del correo que conecta la oficina Postal de Ciudad Nimbasa con la línea del Subterráneo, ¡pero nuestros héroes tienen numerosos señuelos del Tren Fantasma e Ingo y Emmet se quedaron desconcertados! ¿Serán capaces de rescatar a sus Pokémon y salvar a Ciudad Nimbasa del borde del desastre?