En algún lugar de este mundo, hay un Templo del Mar creado por la Gente del Mar. El Templo del Mar contiene un tesoro oculto llamado la Corona del Mar, pero nadie ha visto jamás la Corona del Mar, ni siquiera el Templo del Mar, porque el templo está protegido por un mecanismo secreto. El templo viaja a través de un vasto océano sin ser detectado, esperando… esperando…

Ash y Pikachu conocen a Lizabeth, una descendiente de la Gente del Mar, y se enteran de la leyenda. También conocen a Jackie, un Guardián Pokémon que está en una misión secreta para proteger un huevo de Manaphy (Manaphy es misteriosamente conocido como el Príncipe del Mar) y también para encontrar el Templo del Mar. Mientras se encuentra en esta importante misión, Jackie es atacado por un pirata conocido como el Fantasma. El Fantasma planea obtener la Corona del Mar y apoderarse del mundo, pero primero necesita el huevo de Manaphy. ¡Ahora Lizabeth y Ash deben ayudar a Jackie a proteger el huevo y a detener al malvado pirata! ¿Qué es la Corona del Mar? ¿Cómo se relaciona el misterioso poder de Manaphy con el Templo del Mar? ¿Podrá Ash ayudar a Jackie a completar esta misión?