Cada año la ciudad de Alto Mare celebra una carrera especial de Pokémon de tipo Agua a través de sus canales; y esta vez, ¡Ash y Misty son los principales competidores! Aunque Ash no gana, halla su propio puesto especial en el corazón de una chica misteriosa que le rescata de dos ladronas. Pero esta no es una chica normal: ¡en realidad es Latias, el Pokémon Legendario, disfrazada!

Ash echa un vistazo al mundo secreto de Latios y Latias, pero este mundo pronto se verá amenazado por las dos ladronas de antes (Annie y Oakley) que están intentando hacerse con los dos Pokémon Legendarios, así como de un objeto misterioso llamado Joya Alma. Esto les dará el control de una poderosa máquina que, por lo general, protege contra el peligro. Cuando la máquina se avería, no solo pone a Latios y Latias en un grave peligro, ¡sino a toda la ciudad de Alto Mare!