Da Team Rocket har udspioneret Ashs klasse, mens den blev undervist i Z-krystaller, er de nu nødt til selv at have en! Takket være James' research får de øje på en Mørktype Z-krystal, som sidder fast højt oppe i en klippe - bevogtet af en kolossal Totem Pokémon, Alolan Raticate. Team Skull er også på banen, så nu begynder rivaliseringen for alvor!
Den blåhårede leder af de tre Team Skull-skurke, Tupp, når op til Z-krystallen som den første. Der lykkes det ham at lirke krystallen ud af klippen, men den falder ned og rammer Meowth lige i hovedet! Nu har Team Rocket Z-krystallen, men de manger bare lige at finde ud af, hvordan man bruger den...