Under Lysandre fortsatte forsøg på at overtage Lumiose City gør vore helte, hvad de kan, for at besejre ham. Ash og hans Pokémon er taget til fange, men da det går op for Alain, at hans samarbejde med Lysandre har ført til den igangværende katastrofe, hjælper han med at slippe dem fri. Herefter slutter Ash og Alain sig sammen for at udfordre Lysandre til kamp!
Smatte, som nu har vist sig at være den Legendariske Pokémon Zygarde, prøver stadig at trænge igennem hos Team Flares Zygarde - men Team Flares frygtelige apparat får snart bragt Smatte under deres kontrol, mens Bonnie ser fortvivlet på! Verden hænger nu i en tynd tråd - hvem mon vinder i sidste ende?
