Mens Jessie, James og Meowth endnu en gang planlægger at stjæle Pikachu, bliver de afbrudt af to mystiske væsener: En hætteklædt kvinde, der kalder sig Madame X, og Malamar, en Pokémon med fantastiske hypnotiske kræfter. Jessie og James lader sig hurtigt hypnotisere, men det lykkes Meowth at flygte ? og løber lige ind i vore helte! Da Ash, Serena, Clemont og Bonnie har hjulpet den sårede Meowth med at komme på fødderne igen, advarer den dem om, at Madame X og Malamar er ude efter Pikachu. Og det er lige, hvad der sker, da makkerparret dukker op sammen med Jessie og James i hypnose, trækker Pikachu op med Malamars Psychic og tager af sted igen mod deres skjulested! Clemont har en ny opfindelse, en robot formet som Pikachu, som er lavet til at spore Pikachus unikke energi. Derfor kan de spore den til et observatorium?hvor Pikabot sætter sig fast i hegnet og eksploderer.
Clemont laver nogle hurtige reparationer, og så får Bonnie øje på Betjent Jennys motorcykel, som holder uden for bygningen. Vore helte går på opdagelse og finder Madame X inden i bygningen ? sammen med Pikachu, der er under Malamars hypnose! Hurtigt får Malamar også hypnotiseret Serena, Bonnie og Clemont, men Meowth angriber Ash for at holde ham fokuseret. I starten adlyder Pikachu Madame X’s ordre om at stoppe Ash for enhver pris, men båndet mellem Ash og Pikachu er stærkere end nogen hypnose, og derfor lykkes det Pikachu at ryste trancen af sig! Nu gør Pikabot, der har genoptaget sporingen, sin entré og hamrer lige ind i Malamor, hvorved dennes kræfter bliver forstyrret, og alle bliver sig selv igen ? også Madame X, der tager hætten af og afslører, at hun i virkeligheden er Betjent Jenny! Så triumferer Malamar, mens Meowth oversætter. Malamar havde tilsyneladende en stor plan om benytte et tankekontrolsapparat til at overtage verden. Da den hypnotiserede Betjent Jenny til at blive sin medsammensvorne, var det kun første skridt, men nu hvor dens plan er blevet opdaget, beslutter den sig for at ødelægge apparatet. Mens hele anlægget eksploderer, jagter alle Malamar, men det lykkes den at flygte! Hvad mon der sker med dens store plan?
