Mens Ash udfører specialtræning op til Unova-ligaen hjemme hos Cynthia, er skurkene i Team Rocket ved at lægge sidste hånd på deres seneste djævelske plan: Operation Uvejr!
Da Meloetta har overværet en træningskamp, vil den også være med, hvor det sker! Derfor har Ash og Krookodile lige taget mod Meloettas udfordring, da en kæmpestor Golurk flyver ned på kamppladsen med sin Træner, Ridley, på ryggen. Ridley beskylder straks Ash for at være en skurk, der har kidnappet Meloetta! Misforståelsen bliver hurtigt opklaret, og Ridley forklarer, at han er en af Meloettas beskyttere, og at han og Golurk har ledt efter den Mytiske Pokémen i temmelig lang tid, efter at den blev taget af ukendte skurke.
De omtalte skurke afslører dog snart sig selv: et par agenter fra Team Rocket har opsporet Meloetta til Cynthias hjem og vil prøve at fange den igen! Ridley beslutter, at han og Golurk skal kæmpe med dem, mens Ash og de andre får Meloetta uden for farezonen og skynder sig væk. De bliver dog hurtigt afskåret af Jessie, James og Meowth! Så gør Iris og Cilan front mod dem, mens Ash, Pikachu og Meloetta fortsætter.
Desværre har Team Rocket forudset deres træk, og Bossen venter for at fange dem! Giovanni og hans Persian fanger Ash og Pikachu i et bur, mens han beordrer Meloetta til at overgive sig eller se sine venner blive pint. Meloetta har intet valg, og de tre venner bliver ført om bord på Team Rockets helikopter og overført til en ubåd, som dykker ned i et undervandstempel på bunden af Undella-bugten.
Nu kan Ash bare se hjælpeløst til, mens Meloetta bliver indespærret i templet. Herefter begynder dr. Zager at spille optagelser af Meloettas uforglemmelige sang, hvilket åbner et ældgammelt segl, der forvandler templet og løfter det op på niveau med bugten. Lige så snart stien er fremkommelig, baner Giovanni sig vej ind til templets inderste kerne og gør krav på Sandhedsspejlet, et mystisk spejl med ukendte kræfter! Hvad drejer Operation Uvejr sig egentlig om? Kan den være den største trussel mod Unova-regionen nogensinde?
