Continuando a jornada juntos, nossos heróis e N de repente descobrem alguns sons estranhos da Equipe Plasma, que está capturando e usando Pokémon inocentes como cobaias de testes! Enquanto uma feroz batalha acontece entre os 2 lados, N é pego em um fogo cruzado e fica seriamente ferido. Duas mulheres misteriosas surgem de uma densa neblina e levam N inconsciente para uma lagoa deserta e o colocam nela, enquanto nossos heróis silenciosamente testemunham o drama se desenrolar.
Assistindo maravilhados, Ash e seus amigos vêem N completamente curado! Logo eles descobrem que N e suas duas amigas, Concordia e Anthea vivem em um esconderijo secreto o qual também é um santuário para os Pokémon feridos.
N conta que vivia em uma mansão quando criança, mas que nunca tinha permissão para sair. Ghetsis, o líder da Equipe Plasma, disse a ele, Concordia e Anthea que eles estavam destinados a usarem seus poderes de entender a voz interior dos Pokémon para evitar que eles fossem mal tratados pelas pessoas. Mas quando Ghetsis é confrontado pelo Lendário e muito zangado Reshiram, eles percebem que Ghetsis estava mentindo para eles o tempo todo.
Agora, N e suas amigas ainda concordam que as pessoas não são confiáveis para protegerem o bem-estar dos Pokémon, e eles acreditam que os Pokémon precisam ser mantidos longe das pessoas. Porém, nossos heróis estão determinados a provar que eles estão enganados, e Concordia e Anthea logo ficam impressionadas ao ver os Pokémon maltratados se envolverem com os jovens Treinadores!
Quando os capangas da Equipe Plasma descobrem o paradeiro de N, outra batalha feroz tem início. Mas nossos heróis armam uma tarefa, e a Equipe Plasma é derrotada de novo, por enquanto!
Mesmo assim, N, Anthea e Concordia continuam convencidos de que pessoas e Pokémon não podem coexistir, e assim eles despedem-se de nossos heróis e desaparecem na neblina.
Ash e seus amigos ficam se perguntando se eles verão o amigo N de novo.
