Medan Ash sysslar med lite special-träning utanför Cynthias hus, som förberedelse inför Unova-ligan, gör skurkarna i Team Rocket sina sista förberedelser inför igångsättandet av sin senaste djävulska plan: Operation Storm!
Efter att ha tittat på en tränings-strid, vill Meloetta också vara med och träna! Ash och Krookodile har just antagit Meloettas utmaning, när en enorm Golurk landar på stridsplanen, med sin Tränare på ryggen, Ridley; som genast anklagar Ash för att vara en skurk, och för att ha kidnappat Meloetta! Missförståndet reds snabbt ut, och Ridley förklarar att han är en av Meloettas Beskyddare, och att han och Golurk har letat efter denna Mytiska Pokémon ganska länge efter att den fördes bort av några okända skurkar.
Skurkarna ifråga uppenbarar sig snart; ett par Team Rocket-agenter har spårat Meloetta till Cynthias hus, med avsikt att fånga den igen! Ridley säger att han och Golurk ska strida mot dem, medan Ash och de andra ska föra Meloetta bort från faran, och de springer – men deras väg blockeras snart av Jessie, James och Meowth! Iris och Cilan kämpar mot dem, medan Ash, Pikachu och Meloetta fortsätter ensamma.
Olyckligtvis spelar de Team Rocket rakt i händerna, och Bossen står och väntar på att infånga dem! Giovanni och hans Persian fångar Ash och Pikachu i en bur, och han beordrar Meloetta att ge upp, eller att annars få se sina vänner lida. Meloetta har inget val, och de tre förs ombord på Team Rockets helikopter, och överförs sedan till en ubåt, som stiger ned till ett ruin-tempel på botten av Undella-bukten.
Ash ser hjälplöst på när Meloetta fjättras fast inne i templet. Dr Zager sätter igång en inspelning av Meloettas oförglömliga sång, vilket låser upp en urgammal försegling, förvandlar templet, och får det att stiga upp till ytan i bukten. Så snart vägen är fri tar sig Giovanni in i templets innersta del och tar Sannings-spegeln – en mystisk spegel med okända krafter!
Vad handlar Operation Storm om, egentligen? Kan det här vara det största hotet Unova-regionen någonsin utsatts för?!
