Medan Meowth och våra hjältar anländer till Nimbasa City, förbereder Jessie och James för att släppa lös en ondsint plan, under ledning av Doktor Zager. På det anmärkningsvärda Nimbasa City Pokémon-centret övertygar Meowth dem om att tillåta att deras Pokémon får mjukgörande massage, vilken sker i det säkra Pokémon-centrets valv. Men det visar sig att Meowth fortfarande är en del av Team Rocket och att nyligen ha rest med våra hjältar har bara varit ett knep från Meowth för att komma åt de många Pokémon som finns där!
Under tiden har tunnelbane-bossarna Emmet och Ingo undersökt det mystiska Spöktåget, som har setts fara runt i tunnelbanesystemet flera gånger. Nu försätter en kedja händelser som igångsatts av Team Rocket och Doktor Zager Nimbasa City i kaos! Men Cilan lyckas lägga ihop kedjan av nyliga händelser: Spöktågsobservationer, de saknade Poké Balls från Pokémon-centret, att klaffbron i Nimbasa City fastnat i uppfällt läge – det är alltihop en del i Team Rockets plan att stjäla många, många Pokémon, inklusive våra hjältars!! Cilan, Ash och Iris sätter av i jakt på Spöktåget genom att använda postvagnen som kopplar samman Nimbasa Citys postkontor med tunnelbanesystemet, men flertalet Spöktågsatrapper lämnar våra hjältar och Ingo och Emmet förbryllade! Kommer de lyckas rädda sina Pokémon och få bort Nimbasa City från katastrofens rand?!
