Fra dekk på cruiseskipet ser Ash, Iris og Cilan noe som ser ut som en kjempe-Pokémon inni tåka. Det virker ikke som om noen andre har sett den, så de bestemmer seg for å spørre noen når de kommer fram til neste stopp, Store Spektral-øya, for å finne ut om øyboerne vet noe. En butikkeier forteller dem at det gikk et rykte om et sånt syn på den lille naboøya, og de løper straks av gårde for å undersøke før han rekker å si at ryktet er ti år gammelt.
Den lille øya viser seg å være et hellig sted for Pokémon. I det våre helter utforsker skogen, bli de truet av en diger Heatmor, som driver dem rett mot klippene! Den skremmer også flere ville Pokémon, blant annet en Foongus som angriper Axew med Spore i et forsøk på å slippe unna, og Axew faller i dyp søvn. Pikachu prøver å kjempe mot den enorme Pokémon, men det er ingenting som virker. Plutselig kommer en mystisk person i mørk frakk og solbriller ut fra skogen og stiller seg opp mellom våre helter og den store Heatmor, og så forsvinner de begge to! Cilan tror at alt er en illusjon, men det er større enn som så. Axew sover fortsatt og de må få den til et Pokémon-senter.
På vei tilbake til den andre øya oppdager de et gammelt og nedslitt Pokémon-senter som ligger gjemt langt inni skogen, og det er fullt av ville Pokémon på venteværelset. Iris ber om hjelp, og en Audino dukker opp, og løper av gårde for å finne Nurse Joy, som kommer ut uten Audino. Dette forvirrer Ash, siden Nurse Joy og Audino alltid jobber sammen. Et annet tegn på at dette Pokémon-senteret er litt annerledes, er at Nurse Joy lager medisin til Axew ved å røre sammen noen bær for hånd i en morter. Men det primitive utstyret virker, og Axew våkner igjen, full av ny energi.
Så dukker den mystiske personen med solbrillene opp igjen, og presenterer seg. Hun er en litt eldre Nurse Joy som nå sjekker Pokémon-sentre. Hun sier at akkurat dette Pokémon-senteret, hvor hun jobbet før, skulle vært stengt siden det ikke er noen Trenere på øya. Så beskylder hun den yngre Nurse Joy for å være en bedrager.
Den yngre Nurse Joy står og skjelver, og da ser våre helter noe rart: et syn som viser den eldre Nurse Joy for ti år siden, i det hun frakter en skadet Zorua inn på Pokémon-senteret. Hun forteller våre helter at hun slapp Zorua ut i skogen igjen etter at hun hadde behndlet den, men at den ofte vendte tilbake til Pokémon-senteret og hjalp henne med forskjellige ting. De to ble gode venner, men til slutt ble Pokémon-senteret stengt, og Zorua hadde sluttet å komme på besøk, så hun fikk aldri sagt fra om at hun måtte dra derfra.
Snart blir alt klart: den Nurse Joy som behandlet Axew, og hennes Audino-hjelper, er begge Zoroark i forkledning! Zoroark, som utviklet seg fra den Zorua som Nurse Joy reddet, har drevet Pokémon-senteret selv for å hjelpe alle de ville Pokémon som bor på øya. Nurse Joy bli så rørt at hun tilbyr seg å åpne Pokémon-senteret igjen, så hun og Zoroark kan hjelpe øyas Pokémon sammen. Og etter at våre helter har gjort en skikkelig rengjøring av huset, ser Pokémon-senteret så godt som nytt ut, og våre helter drar videre på nye eventyr.
