Team Plasma planlegger å stjele Lyssteinen og ta N til fange. Cilan og Iris kjemper mot dem oppe på bakkenivå mens Ash og N er fanget under bakken. N hører de indre stemmene til sine Pokémon-venner, og føler den samme uroen som de føler. Ash bestemmer at de må komme seg ut for å kunne hjelpe til, og minnes en av eventyrreglene til professor Cedric Juniper: Gi ikke opp før det er slutt. Og mens N forbauset ser på, får Ash ut alle sine Pokémon, og de begynner å grave en tunnell opp til overflaten. N er overveldet over det sterke båndet mellom dem.
Samtidig, på overflaten, har Colress igjen aktivert sitt Pokémon-kontroll-apparat. Cilan og Iris føler seg tvunget til å returnere Crustle og Dragonite til sine Pokeball, sånn at apparatet ikke kan kontrollere dem. Dette gjør dem sårbare, og Team Plasma rykker fram for å ta dem. Aldith vil at Colress skal sende de kontrollerte Pokémon ned i undergrunnen, og akkurat da bryter Krookodile opp fra undergrunnen, etterfulgt av Charizard, Ash og N, som holder Lyssteinen! Colress sikter apparatet sitt mot Ash sine Pokémon, og Ash returnerer alle sammen..alle bortsett fra Pikachu, som som kjent har aversjon mot å være i sin Pokeball. Apparatet til Colress tar kontroll, og Pikachu snur seg mot heltene våre og begynner å angripe. Ash prøver alt han kan å få bestekompisen til å kjenne ham igjen, men får det ikke til. Pikachu langer ut et fullblods Thunderbolt mot Ash på kloss hold, og slår ham bevisstløs.
N blir desperat og ofrer seg selv og Lyssteinen, mot at Colress slår av apparatet og frigir Pikachu. De kommer til enighet, N blir tatt hånd om av Team Plasma, og Pikachu kommer til hektene igjen og kryper trist opp i armene til den skadde Ash. Ghetsis ankommer og avdekker sitt ultimate mål: å vekke den legendariske Pokémon Reshiram fra Lyssteinen og ta kontroll over hjernen. Klarer heltene våre å stoppe denne skurkeplanen før det er for sent?
