Middenin hun lunchpauze worden onze helden verrast door de komst van hun oude vriend Sanpei en zijn Greninja. Ze zijn op de terugweg naar Ninja Village en onze helden worden uitgenodigd om mee te gaan.
Daar ontmoeten ze de broers van Sanpei, Ippei en Nihei, evenals het dorpshoofd Hanzo en zijn assistente Shinobu. Iedereen is onder de indruk van de groei van Sanpei als ninja en als Trainer. Onze helden verwonderen zich over alle geweldige Pokémon die daar zijn.. en Team Rocket, dat van bovenaf toekijkt, smeedt een plan om ze allemaal te vangen. Uit het niets vallen enkele Skarmory het dorp aan en een groep gemaskerde ninja’s ontvoerd dorpshoofd Hanzo! Wie zijn zij en wat zijn hun bedoelingen? Blijf kijken, terwijl de reis wordt vervolgd!
