Terwijl Meowth en onze helden in Nimbasa City arriveren, staan Jessie en James, onder leiding van Dr. Zager, op het punt een sinister plan uit te voeren. In het opmerkelijke Pokémon Center overtuigt Meowth hen er van om al hun Pokémon een massage te laten ondergaan. Deze massage vindt plaats in de beveiligde Pokémon Center Kluis. Het blijkt dat Meowth nog steeds bij Team Rocket hoort en het reizen met onze helden slechts een manier voor Meowth was om in de Kluis te komen en alle Pokémon te stelen!
Intussen hebben de Metro Bazen van Nimbasa, Ingo en Emmet, het mysterie omtrent de Spooktrein onderzocht. Er gebeuren daarna een paar gebeurtenissen, die door Dr. Zager en Team Rocket worden uitgevoerd en chaos in Nimbasa City veroorzaken. Maar Cilan is in staat een overzicht van de situatie te krijgen: De Spooktrein, de vermiste Poké Ball in het Pokémon Center, de Nimbasa City’s ophaalbrug die niet meer omlaag kan. Het hoort allemaal bij Team Rocket’s plan om heel veel Pokémon, inclusief die van onze helden, te stelen. Cilan, Ash en Iris gaan met een postwagen, die via een spoor van het postkantoor van Nimbasa City loopt achter de Spooktrein aan. Maar onze helden, Ingo en Emmet staan perplex als er opeens heel veel LokSpooktreinen opduiken! Zullen ze in staat zijn hun Pokémon te redden en Nimbasa City voor een ramp te behoeden?!
