Wanneer Ash vol spanning aankomt in de Unova regio, samen met Pikachu, zijn moeder en Professor Oak, zien we dat tegelijkertijd Giovanni Team Rocket ook een belangrijke taak heeft gegeven in de Unova regio. Terwijl Jessie, James en Meowth zich voorbereiden op hun nieuwe opdracht, stelt Professor Oak Ash voor aan Professor Juniper, een van de top researchers van de Unova regio.
Plotseling verschijnt er een donkere onweerswolk en Pikachu wordt geraakt door een enorme hoeveelheid elektriciteit. Professor Juniper onderzoekt Pikachu en ontdekt niets vreemds. Maar later, als Ash met de kersverse nieuwe trainer Trip en zijn eerste Pokémon Snivy aan het vechten is, kan Pikachu geen Elektrisch soort aanvallen gebruiken!
Eenmaal terug in het lab van Professor Juniper, ontdekken we dat Pikachu toch is geraakt door de grote hoeveelheid elektriciteit, die hij heeft geïncasseerd tijdens de onweersbui. Op dat moment verschijnt diezelfde onweerswolk opnieuw! Professor Juniper vertelt dan het verhaal van de Legendarische Pokémon Zekrom, waardoor iedereen zich afvraagt wat de reden kan zijn van het mysterieuze verlies van Pikachu’s Elektrisch soort krachten. Zal Pikachu ooit weer in staat zijn om die krachten weer te gebruiken?
