Yhtä pian kuin Pikachun kyky käyttää sähkötyypin liikkeitä oudosti katosi myrskyn myötä, toinen myrsky paransi sen aivan yhtä nopeasti! Ongelma vaikuttaa johtuneen legendaarisesta Pokémonista Zekromista, ja professorit Oak ja Juniper ovat yhtä mieltä siitä, että asia vaatii lisätutkimuksia.
Sillä välin myös Rakettiryhmä on saapunut Unova-alueelle ja valmistautuu aloittamaan operaation, jonka tarkoituksena on varastaa sekä Pikachu että Zekrom. Ash on myös päättänyt jatkaa matkaansa seuraavaksi Unova-alueella. Varustettuna uudella Pokédexillä ja uusilla Poképalloilla sankarimme päättää tavata niin monia Unova-alueen Pokémoneja kuin vain mahdollista. Alkutaipaleellaan hän törmää Irikseen ja hänen Pokémoniinsa Axew’hun ja nappaa ensimmäisen Unova-alueen Pokémoninsa, Pidoven. Mutta pian sen jälkeen Rakettiryhmä käynnistää ilkeän juonensa ja varastaa Pikachun, Pidoven ja Axew’nkin! Ash ei tietenkään tätä purematta niele ja singahtaa toimintaan. Hän taistelee vanhoja vihollisiaan, Jessieä, Jamesiä ja Meowthia vastaan ja saa odottamatonta apua araksi luulemaltaan Pokémonilta, Oshawottilta (joka oli pitkään seuraillut Ashiä ja Pikachua). Niinpä Ashin ja Iriksen Pokémonit saadaan turvallisesti takaisin ja Rakettiryhmä katoaa salaperäisesti paikalta.
Pokémonkeskuksessa hoitaja Joy hoivaa Pikachun, Axew’n ja Pidoven jälleen kuntoon ja Iriksen on pakko myöntää, että vaikka Ash käyttäytyy kuin “pikkulapsi”, oli vaikuttavaa kun hän syöksyi pelastamaan kaikkia kolmea Pokémonia. Ash puolestaan miettii ääneen, miksi Oshawott tuli sillä tavoin heidän avukseen...
