Kalos-ligaens medaljeoverrækkelse bliver afbrudt, da stadionet bliver begravet i krybende slyngplanter, som truer med at overtage Lumiose City! Herefter fremsætter Lysandre Team Flares manifest på tv: De vil skabe en ny verdensorden, hvor kun "de udvalgte" får lov at være med!
Ash og Alain går straks ud for at redde Mairin, men Ash bliver dybt rystet, da han opdager, at Alain har arbejdet for Lysandre. Snart tager Team Flare Ash til fange på toppen af Prismetårnet, men da hans venner forsøger at komme ham til undsætning, står en hidsig Zygarde i vejen for dem - indtil den bliver udfordret af en anden Zygarde, idet Smatte forvandler sig og afslører sin sande identitet! Nu er opgøret uundgåeligt, og det står mellem Zygarde og Zygarde!
