Da Ash spændt ankommer til Unova-regionen sammen med sin mor, professor Oak og Pikachu, finder vi samtidig ud af, at Giovanni har givet Team Rocket en vigtig opgave, som også foregår i Unova-regionen. Så mens Jessie, James og Meowth gør sig klar til deres nye opgave, kan professor Oak præsentere Ash for professor Juniper, en af top-forskerne i Unova-regionen.
Pludselig kommer en sort stormsky til syne, og Pikachu bliver ramt af en voldsom mængde elektricitet. Ved Professor Junipers første undersøgelse af Pikachu finder han ikke noget galt. Men senere, da Ash kæmper med en vordende ung træner ved navn Trip og dennes start Pokémon Snivy, kan Pikachu ikke bruge nogen Elektrisk-type træk!
Tilbage på professor Junipers laboratorium bliver det klart, at Pikachu faktisk har taget skade af den enorme mængde elektricitet, den har absorberet under tordenvejret – og pludselig viser den samme sorte sky sig en gang til! Professor Juniper genfortæller så historien om den Legendariske Pokémon Zekrom, og får alle til at spekulere over, hvad der dog kan have forårsaget, at Pikachus Elektrisk-type kræfter på mystisk vis er forsvundet. Vil Pikachu nogen sinde kunne genvinde disse kræfters brug?
