Nach einer Reise durch geheimnisvolle Portale befinden sich Ash, Goh, Chloe und Lucia in einer Parallelwelt, in der Pokémon sich wieder zu Eiern zurückentwickeln! Zusammen mit ihren Doppelgängern aus der Parallelwelt untersuchen Ash und seine Freunde den Ursprung der Portale und finden die Legendären Pokémon Dialga und Palkia im erbitterten Kampf. Nachdem sie das Team Rocket aus der Parallelwelt besiegt haben, werden unsere Helden selbst von der Zeitumkehr erfasst und sind plötzlich wieder ganz jung! Verzweifelt versuchen sie, den Kampf der Legendären Pokémon zu beenden und das Raum-Zeit-Gefüge wiederherzustellen. Sie teilen ihre Gefühle mit Dialga, Palkia und dem Mysteriösen Pokémon Arceus, das den Konflikt schließlich beendet. Als sich alles wieder normalisiert hat, machen sich unsere Helden auf den Weg nach Hause!